История транскрипции японских слов на русский язык очень увлекательна и насчитывает около 130 лет. Всё началось в 1867 году, когда американский врач и лингвист Джеймс Хэпбёрн опубликовал японско-английский словарь, где запись слов осуществлялась не иероглифами и не азбукой, а английскими буквами. Его система была основана на транскрипции, т.е. Хэпбёрн подобрал буквосочетания, наиболее адекватно передающие звучание японских слов на английском языке, отсюда и пошло Sushi и Geisha.
Словарь оказался успешным, поскольку позволял иностранцам быстро изучить фонетику и пополнить словарный запас японских слов и выражений без глубокого изучения японской письменности, а 130 лет назад она была намного сложнее и запутанней современной. Вскоре данная система была принята на вооружение и в самой Японии, в частности уже в 1908 году система Хёпбрена была принята в Японии официальной системой транскрипции японских слов латинскими буквами.
Российская Империя имела в тот момент достаточно слабые контакты с Японией, и большинство японских слов пришли в русский язык в основном из английского и французского. Так как на тот момент в русском языке не было адекватной системы передачи японских слов, их записывали русскими буквами близкими по звучанию английской транскрипции. Вскоре после появления системы Хэпбёрна, японский физик Аикицу Танакадатэ создал другую систему транслитерации японских слов, наиболее точно передающую не звучание, а написание. Она стала активно вытеснять "проамериканскую" транскрипцию Хэпбёрна и в 1937 году была утверждена в качестве официальной под названием "предписанная латиница". Были переписаны названия вывесок, фамилии в загранпаспортах, а к 1942 году победа "предписанной латиницы" стала полной и окончательной.
В 1930 году в СССР талантливым лингвистом-японоведом Евгением Дмитриевичем Поливановым была разработана система транскрипции японских слов на русский язык, основанная на "предписанной латинице" за отличием лишь некоторых звуков: звуки "фу" и "цу". В тот момент для лингвистов всего мира победа "предписанной латиницы" не вызывала сомнений. Но карты спутала вторая мировая война, в которой Япония потерпела сокрушительное поражение, и вторым приказом оккупационного правительства США стало возрождение системы Хэпберна с мелкими доработками под названием Ромаджи (Romaji), вновь переписывали вывески и загранпаспорта, на этот раз бесповоротно.
С другой стороны, в СССР успела официально утвердиться система Поливанова. Вносить коррективы было некому. Сам Поливанов, как и многие другие лингвисты, был казнен по подозрению в шпионаже в 1938 году, а сфера интересов СССР в тот момент не включала лингвистику японского языка. Поэтому, с одной стороны, русское слово Суси не передает звучания японского Sushi, но правильно писать именно "си" а не "ши", несмотря на то, что некоторые японские названия и имена приобретают немного нелепое звучание, сравните "Нисихиро Ниси" и "Нишихиро Ниши". Конечно, лучше всего было бы создать новую систему, использующую всё богатство звуков русского языка, однако укоренение системы Поливанова, похоже, уже необратимо.
Теперь вернемся к переводам аниме на русский язык. Чаще всего этим занимаются любители и переводят они, как правило, с английского языка и историю вопроса не знают, и переводят имена и названия, просто передавая звуки системы Ромаджи русскими буквами как 130 лет назад. Поэтому в среде анимешников, больше всего распространена русифицированная система Хэпбёрна. Более того, даже зная о системе Поливанова, многие аниме переводчики отказываются от неё из-за искажений фонетики, однако это противоречит правилам русского языка.